Rayane Mohamed, est, à Genève, Directrice de Plateforme analytique chez Merck, groupe multinational pharmaceutique allemand où elle dirige une équipe de scientifiques de haut niveau. Pour nous informer de ce qu’un PCR, ce Docteur en Chimie analytique, dont le parcours professionnel se déroule dans les groupes phares mondiaux (Nestlé, Novartis, Merck) est certainement une des meilleures spécialistes au monde.
Nous avons demandé à nos correspondants et à des Amis de HaYba de trouver un scientifique de très haut niveau qui pourra parler humblement à notre hauteur pour nous sortir des vapeurs dans lesquels nous enferment les grossières certitudes de ceux qui prétendent tout savoir dans notre pays.
Ismael Mohamed Ali, Isma pour les admiratrices et les Amis de HaYba, fans de ces reportages dans HaYba WEEKEND, par ailleurs journaliste à France TV, a interviewé Rayane Mohamed, dont nous publions le lien vers son profil LinkedIn.
https://www.linkedin.com/in/rayane-mohamed-318ab822
L’engagement de HaYba est d’INFORMER, ÉDUQUER, DIVERTIR » et ensuite de manger tranquillement nos bananes et des têtes de poissons (simsim) en regardant ceux que nos informations dérangent, nous accuser de trahison nationale, de vente de mauvais whisky autour de la Kaaba, de détournements des lézards des demeures présidentielles et ministérielles, et de production éhontée de mauvaise foi digitale sur les réseaux sociaux. Qu’Allah les fasse bénéficier d’un test PCR négatif. Aux Amis de HaYba, soucieux d’apprendre et de comprendre, nous vous recommandons cette interview, que nous publions dans une rare combinaison Hayba WEEKEND – HaYba COVID-19
HaYba : Un PCR est arrivé la semaine dernière aux Comores. Qu est ce que cela va t il changer concrètement pour les Comoriens ?
Rayane Mohamed :
Actuellement les plateformes PCR sont déployés en milieu hospitalier et autres laboratoires de ville pour permettre le dépistage du Covid-19. On parle de dépistage à un instant T. Concrètement on pourra dire si au moment du prélèvement le patient était porteur du virus ou pas. On ne pourra pas statuer sur son état avant et surtout après prélèvement.
HaYba : Qu’ est ce qu’ un PCR ?
Rayane Mohamed :
PCR, pour désigner un appareil est un abus de langage. La technique se nomme PCR pour désigner une réaction qui permet de copier en grand nombre une séquence d ADN connue.
Et cette réaction se fait par des cycles de chauffage et de refroidissement. Ensuite vient la détection avec un marquage specifique
On peut dire que la PCR est une machine en quelque sorte qui permet de détecter l’ADN. Le virus a des gènes « signatures » donc caractéristiques du Covid-19. Si je résume grossièrement la manipulation: étape 1: tu as ton échantillon, tu extrait l ARN du virus. Ensuite l ARN est transformé en ADN par RT-PCR. Quand tu entends RT-PCR, c’est qu avant d etre détecter, on doit appliquer une enzyme la RT: reverse transcriptase. Cette enzyme permet de transformer l ARN en ADN. Une fois transformé en ADN, celui-ci est quantifié par PCR. L etape cruciale est celle jusque l extraction d ARN. Avant cette étape l l’échantillon doit être manipulé avec des précautions car toujours infectieux.
Généralement l’experience d extraction doit se faire dans un autre local que l’amplification PCR. Pour éviter les contaminations
Donc les locaux doivent être irréprochables en terme de propreté et désinfection.
HaYba : Les premiers tests de dépistage du covid-19 devraient être effectués sur des patients susceptibles d’être touchés par ce virus – des patients admis à l hôpital de Samba-Kuni. Peut-etre ont-ils même deja été effectué ? Qu’ entend-on par tests et combien de temps cela prend-il pour avoir les résultats ?
Rayane Mohamed :
Pour moi cette question dépend de la plateforme et de l’approche utilisées localement aux Comores. A titre de comparaison, dans mon laboratoire, si nous recevons les échantillons avant 10 heures du matin, nous sommes en capacité de rendre les résultats pour le lendemain 12 heures, pour un nombre d’échantillons testés de 94. Mais encore une fois, ces chiffres et temps dépendent de la plateforme PCR utilisée.
HaYba : Comment se passe ces tests et dans quel endroit en général ?
Rayane Mohamed :
Encore une fois, je pourrais donner qu’une réponse basée sur mon expérience, qui diffère sûrement de la situation aux Comores.
Mais pour schématiser, le prélèvement doit être fait dans une zone désinfectée et le personnel hospitalier porter l’équipement adéquat.
Pour exemple voici l’équipement porté par la personne en charge des prélèvements : combinaison Tyveck, masque FFP2 ou 3, charlotte, des lunettes de sécurité, des gants et des surchausses (éventuellement une visière est à disposition).
Ensuite vient le test en lui-même, réalisé par des techniciens de laboratoire spécialisés en biologie moléculaire, encore une fois selon l’approche adoptée, des locaux adaptés pour éviter la propagation du virus doivent être considérés.
HaYba : Comment et dans quelles conditions les chercheurs doivent ils travailler ?
Rayane Mohamed :
Les spécialistes de biologie moléculaire sont tout à fait au point sur l’habillement et les précautions à prendre. Ne pas oublier, que contrairement à d’autres virus bien connus, nous en apprenons tous les jours sur le Covid-19, est ce un virus type aérosol (qui peut se disperser dans l’atmosphère) ? Est ce un virus « goutelette » (qui retombe au sol) ?
Les réponses ne sont pas claires. Dans le flou, mieux vaut être conservateurs et adopter le principe de précaution maximale. Protection des travailleurs et des zones de travail, désinfection systématique de la zone et suivi du circuit des déchets.
HaYba : On parle d extraction pour étudier le virus. Y a t- il plusieurs façons de l’extraire et les chercheurs s’exposent ils à des dangers particuliers ? Si c est le cas quelles précautions doivent-ils prendre encore plus dans un pays comme les Comores ?
Rayane Mohamed :
Encore une fois, pour répondre pleinement à cette question il faut déjà savoir quelle plateforme est en place aux Comores. Grossièrement, il faut spécifiquement extraire l’ARN du virus de l’échantillon prélevé. L’ARN ( acide ribonucleique, une molécule constituée d un enchaînement de nucleotides) est ensuite transformé en ADN via une réaction enzymatique (reverse transcriptase).
L’ADN étant en faible quantité pour l’amplifier nous utilisons un PCR qui permet de multiplier les brins d’ADN afin d’obtenir un signal détectable. Avant l’extraction de l’ARN, l’échantillon est considéré comme infectieux.
Ce sont donc ces étapes préliminaires durant lesquelles il faudra prendre le plus de précautions.
Ensuite des précautions « simples » de bonnes pratiques de laboratoire s’appliquent.
HaYba : Pourquoi est ce si difficile de faire des tests pour identifier la présence ou non de coronavirus ?
Quelles sont les fourchettes de prix pour des kits de tests de dépistages ?
Rayane Mohamed :
La difficulté dépend de la ligne de base. Si rien n’est en place ni appareil, ni local adapté, ni personnel formé, cela représente un défi. Par contre ces conditions réunies, l’implémentation (installation) du test peut se faire rapidement. Le défi étant de trouver des réactifs.
Car la demande hospitalière est forte en ce moment et prioritaire.
Pour ce qui est des prix, je me répète cela dépend de l’approche. En fait PCR, c’est vague comme terme. Cela peut aller de quelques milliers d’euros a plus de 100/ 200 000 euros, voire plus pour des plateforme type Droplet Digital PCR.
HaYba : Selon vous le PCR acheté par les Comores permet de réaliser combien de tests ?
Rayane Mohamed :
Les seules personnes pouvant répondre sont celles sur place. Je vous encourage à les contacter.
HaYba : Quel personnel médical (technique) est en capacité de pouvoir utiliser le PCR, lire et interpreter les resultats ?
Rayane Mohamed :
Pour le prélèvement sur patient, mieux vaut faire appel à du personnel type médecin ou infirmier. Pour rappel un écouvillon est placé dans le nez et/ou la gorge du patient. Pour l’analyse en lui-même des laborantins biologistes, biochimiste voire chimistes analystes peuvent réaliser les expériences. Le traitement de résultat peut également être réalisés par ces laborants ou un ingénieur dans les domaines pré-cités.
haYba : D’ailleurs, y a t il une formation spécifique et combien de temps dure t elle ?
Rayane Mohamed :
Non pas de formation spécifique PCR, un parcours type biologie moléculaire est encore l’idéal, mais des biologistes, biochimistes peuvent aussi être en capacité de réaliser ces tests. Une formation type Brevet Technique Supérieur (BTS) de laboratoire dans les domaines pré-cités peut déjà convenir.
HaYba : On parle de réactifs pour les tests. Qu est ce que c est ? Est ce facile à commander plus encore dans un contexte de pandémie mondial ? Quelle est la fourchette des prix de ces réactifs ?
Rayane Mohamed :
Je répète cela dépend de la plateforme utilisée, à titre de comparaison notre kit d’isolation ARN vaut 900 euros pour 96 échantillons, le kit pour la réaction enzymatique, l’amplification PCR spécifique Covid-19 vaut 22 000 euros pour 1 000 échantillons.
Au plus fort de la pandémie, ces réactifs posaient problème car les fournisseurs n’avaient pas prévus de telles demandes et une priorisation évidente vers les hôpitaux. Actuellement, les délais sont réduits, je dirais 1 à 2 semaines d attente (Europe).
HaYba : Cinq prélèvements, par exemple, supposons 5 tests. Qu’est ce qu’ils pourraient vouloir dire, s’ils étaient tous négatifs ou positifs de la situation sanitaire dans un pays qui officiellement ne comptait aucun cas de covid-19?
Rayane Mohamed :
Le test PCR, s’il est réalisé correctement, permettra de dire en cas de résultat positif que le patient était porteur du virus Covid-19 au moment du prélèvement. Ce sont des faits scientifiques et non politiques.
HaYba : Supposons que l étude clinique révèle officiellement le depistage d un cas positif. Quelle pourrait être la suite pour les chercheurs et les autorités ?
Rayane Mohamed :
Attention, une étude clinique est une étude visant à prouver l’efficacité d’un médicament sur un groupe de patients identifiés. A ne pas confondre avec une campagne de dépistage qui va juste permettre de dire si le patient est porteur du virus ou pas. Il n’est pas question de guérison. Idéalement en cas de cas positif, il faudrait retracer les contacts ayant été proches du patient, les tester et les isoler (ainsi que le patient).
HaYba : Et si le test est négatif ?
Rayane Mohamed :
Effectivement si le test est négatif, évidemment on pourrait en déduire que le patient n’est pas porteur du virus, mais on ne peut pas exclure que cela pourrait venir d un mauvais prélèvement, d’une mauvaise manipulation, etc. C est ce que l’on appelle des faux-négatifs.
La seule façon de savoir si vraiment tu as été en contact ou pas avec le virus ce sont les fameux tests sérologiques (le sang) qui permet de savoir si oui ou non on a développé les anticorps nécessaires pour combattre le virus (immunisation) ou pas.
HaYba : Dans ces tests de dépistage, l’OMS a t elle un rôle particulier à jouer ? Si officiellement la présence du virus est actée officiellement qu’ est ce que cela change pour l État comorien et l OMS ?
Rayane Mohamed :
Ce n’est pas mon domaine d’expertise. Je ne peux donc pas commenter.
HaYba : Quelles sont les perspectives pour les Comores sur le plan clinique ? Qu’ est ce que le pays devra tirer comme leçon ?
Rayane Mohamed :
Idem, cette question doit être posée aux autorités sanitaires comoriennes.
